Không chỉ là trung tâm hành chính của Nhật Bản mà Tokyo còn là trung tâm kinh tế của thế giới. Là một trong 3 trung tâm kinh tế toàn cầu cùng với New York và Luân Đôn, theo điều tra của PricewaterhouseCoopers, khu đại đô thị Tokyo bao gồm cả Yokohama (38 triệu người) có tổng GDP theo sức mua tương đương là 2000 tỷ USD năm 2012, biến nó trở thành vùng đô thị có GDP lớn nhất toàn cầu. Tính đến năm 2008, có 47 công ty trong danh sách Global 500 có trụ sở đặt tại Tokyo, gấp đôi so với Paris.

Tokyo là trung tâm tài chính quốc tế, là nơi đặt trụ sở chính của một vài ngân hàng đầu tư và công ty bảo hiểm lớn nhất thế giới, đóng vai trò đầu mối của Nhật về giao thông, công nghiệp xuất bản và phát thanh truyền hình. Trong phát triển mang tính tập trung của nền kinh tế Nhật Bản theo sau cuộc Chiến tranh thế giới lần thứ hai, nhiều công ty lớn di chuyển tổng hành dinh của họ từ các thành phố như Osaka (thủ đô thương mại lịch sử của Nhật) đến Tokyo, trong cố gắng lợi dụng sự thâm nhập dễ dàng hơn vào hệ thống nhà nước. Xu hướng này đã bắt đầu chậm dần đi do sự bùng nổ dân số ở Tokyo và mức sống đắt đỏ ở đó.

Tokyo được xếp hạng bởi Economist Intelligence Unit là thành phố đắt đỏ nhất trên thế giới (giá sinh hoạt cao nhất) trong 14 năm liền cho đến 2006[31]. Chú ý rằng điều này chỉ đúng cho mức sống của một thương gia người phương Tây. Nhiều người Nhật vẫn sống được qua ngày một cách tiết kiệm ở Tokyo, do tỉ lệ tiết kiệm quốc gia cao.

Tokyo nổi lên như một trung tâm tài chính quốc tế hàng đầu (IFC) vào những năm 1960 và được mô tả là một trong ba "trung tâm chỉ huy" cho nền kinh tế toàn cầu, cùng với 2 thành phố New York và London. Trong Chỉ số Trung tâm Tài chính Toàn cầu 2017, Tokyo được xếp hạng là trung tâm tài chính cạnh tranh thứ năm trên thế giới (bên cạnh các thành phố như London, Thành phố New York, San Francisco, Chicago, Sydney, Boston và Toronto trong top 10), và cạnh tranh thứ ba ở châu Á (sau Singapore và Hồng Kông). Thị trường tài chính Nhật Bản mở cửa chậm chạp vào năm 1984 và đẩy nhanh quá trình quốc tế hóa với "Vụ nổ lớn Nhật Bản" năm 1998. Bất chấp sự xuất hiện của Singapore và Hồng Kông như các trung tâm tài chính cạnh tranh, Tokyo IFC vẫn giữ được vị trí nổi bật ở châu Á. Thị trường chứng khoán Tokyo lớn thứ nhì trên thế giới tính theo trị giá thị trường của các cổ phiếu được niêm yết, với hơn 4.000 tỷ USD. Chỉ có Thị trường chứng khoán New York là lớn hơn. Tuy nhiên, tầm vóc của nó đã giảm đi đáng kể từ sau vụ bong bóng của thị trường địa ốc đạt cực đỉnh đầu những năm 1990, khi nó chiếm trên 60 phần trăm của toàn bộ trị giá chứng khoán trên thế giới.

Tính đến năm 2003, theo Bộ Nông nghiệp, Lâm nghiệp và Thủy sản, Tokyo có 8,460 ha đất nông nghiệp, là tỉnh có tỉ lệ đất nông nghiệp thấp nhất cả nước. Đất nông nghiệp tập trung chủ yếu ở tây Tokyo. Những mặt hàng dễ thối hỏng như rau, hoa quả và hoa có thể dễ dàng chuyển tới những khu chợ ở phía đông tỉnh. Rau bina Nhật Bản và rau bina là những loại rau quan trọng nhất, đến năm 2000, Tokyo cung cấp 32.5% lượng rau bina Nhật Bản được bán tại các chợ trung tâm.

Với 36% diện tích được bao phủ bởi rừng, Tokyo là nơi phát triển dày đặc của cây liễu sam và cây bách Nhật, đặc biệt là những vùng nhiều núi như Akiruno, Ōme, Okutama, Hachiōji, Hinode, and Hinohara. Với việc giảm giá gỗ nguyên liệu, tăng giá thành sản xuất cộng thêm việc phát triển rừng đã làm sụt giảm sản lượng gỗ ở Tokyo. Ngoài ra, phấn hoa, đặc biệt là từ cryptomeria, là một chất gây dị ứng chính cho các trung tâm dân số gần đó. Vịnh Tokyo đã từng là một nguồn cá chính. Hầu hết sản xuất cá của Tokyo đến từ các hòn đảo ngoài khơi, chẳng hạn như Izu Ōshima và Hachijōjima. Cá ngừ vằn, nori và aji là một trong những mặt hàng thủy sản chính.

Du lịch ở Tokyo cũng là một đóng góp cho nền kinh tế. Năm 2006, 4,81 một triệu người nước ngoài và 420 triệu chuyến thăm Nhật Bản đến Tokyo đã được thực hiện; giá trị kinh tế của những chuyến thăm này lên tới 9,4 nghìn tỷ yên theo Chính quyền thành phố Tokyo. Nhiều khách du lịch đến thăm các trung tâm thành phố, cửa hàng và khu giải trí khác nhau trên khắp các khu phố của các phường đặc biệt của Tokyo; đặc biệt đối với học sinh trong các chuyến đi theo lớp, chuyến thăm Tháp Tokyo là một điều khó khăn. Các dịch vụ văn hóa bao gồm cả văn hóa pop Nhật Bản có mặt khắp nơi và các quận liên quan như Shibuya và Harajuku, các điểm tham quan văn hóa như trung tâm anime Studio Ghibli, cũng như các bảo tàng như Bảo tàng Quốc gia Tokyo, nơi lưu giữ 37% kho báu tác phẩm nghệ thuật quốc gia của đất nước (87/233).

Chợ cá Tsukiji ở Tokyo là chợ bán buôn cá và hải sản lớn nhất thế giới, và cũng là một trong những chợ bán buôn thực phẩm lớn nhất dưới mọi hình thức. Chợ Tsukiji giữ vững truyền thống của người tiền nhiệm, chợ cá Nihonbashi, và phục vụ khoảng 50.000 người mua và người bán mỗi ngày. Các nhà bán lẻ, toàn bộ người bán, nhà đấu giá và công dân thường xuyên đi chợ, tạo ra một thế giới hỗn loạn có tổ chức duy nhất vẫn tiếp tục cung cấp cho thành phố và nguồn cung cấp thực phẩm sau hơn bốn thế kỷ. Nó đã chuyển sang Chợ Toyosu mới vào tháng 10 năm 2018.